1、前往珊瑚宫寻找心海，与心海对话得知海祇御灵祭用来逆转海祇岛的圣土化，但是圣土化现象没有被逆转反而停止了。还有渊下宫出现了新怪物和无法驱散的黑暗。
2、与剑鱼一番队一起突破黑暗，来到大日御舆处。前往临时营地，遇见阿祈，然后与她对话。对话时我们发现阿祈小姐对深海龙蜥很了解，虽然应该不是坏人但还是有疑点。
3、与伤员们对话。从第一位口中得知阿祈戴面具是因为她的瞳孔是竖着的，像蛇一样细长，与相传的海祈大御神的第一眷属特征一样。前往营地外围整理情报，然后回去与阿祈对话。
4、阿祈会给我们【睦疏之匣】，让我们使用睦疏之匣打倒魔物——一个雷深渊法师和几个丘丘人根据教学我们得知怪物被黑雾护持时必须要先用睦疏之匣驱散黑雾，否则怪物不会掉血。
5、与阿祈对话，得知深渊的家伙，应拉悟有仍该是渊上，对渊下宫做了一些很坏的事情。解锁雕像供奉，可以收集光界之印然后供奉提孕驷巴墟高等级，既能获得奖励，又会提升睦疏之匣等级增加抗侵蚀强度。完成如下图中的相应任务也会获得原石等奖励。
