1、执行标准不同：乌鸡白凤丸的执行标准为《中国药典》，而带有同仁字样的乌鸡白凤丸执行标准为国家食品药品监督管理总局国家药品标准。两者虽然都属于国家药品标准，但在药品的质量指标、检验方法以及生产工艺等技术要求方面是有差别的。
2、药物组成有差别：（1）仔细对比其药物组成，不难发现，两者的差异主要体现在这几种成分上。乌鸡白凤丸成分中含有鹿角胶、鹿角霜、鳖甲和人参；带有同仁字样的乌鸡白凤丸成分则为鹿角、青蒿和红参。（2）鹿角胶和鹿角霜均为鹿角煎煮或去胶质而成。鹿角侧重于温补肾阳，强壮筋骨，行血消肿；鹿角胶侧重于温补肝肾，益精养血；鹿角霜则侧重于温肾助阳，收敛止血。三者相比，鹿角胶温阳补血作用更强，鹿角温阳作用较鹿角霜为胜。鳖甲能够滋阴潜阳，退热除蒸，清降虚火。青蒿只是能够清虚热，除骨蒸，并无滋阴作用。红参为人参的炮制加工品，人参性平，炮制后增强了其温热性，所以，红参性温，比较适合气虚及阳虚体质者。（3）通过对比其成分及功能，乌鸡白凤丸偏于平补气血，带有同仁字样的乌鸡白凤丸偏于温补气血。
3、功能主治有差别：两者均具有补气养血，调经止带之功，但乌鸡白凤丸常用于气血两虚，身体瘦弱，腰膝酸软，月经不调，白带量多等症。而带有同仁字样的乌鸡白凤丸常用于气血虚寒，月经不调，宫寒痛经，行经腹痛，少腹冷痛，体弱乏力，腰酸腿软等症。
4、适用人群不同：乌鸡白凤丸侧重于滋补肝肾，平补气血，适用于一般类型的气血两虚人群；而带有同仁字样的乌鸡白凤丸偏重于温补气血，温阳补肾，更加适合气血不足、肾阳虚弱、月经不调、白带量多、体质偏寒及宫寒痛经的人群来服用。
5、综上所述，带有同仁字样的乌鸡白凤丸因其药性偏于温补，即温补气血、温阳补肾，所以对于湿热、实火及阴虚体质的人群而言，服用后可能会容易出现上火的情况。但月经不调及痛经的发病原因又多与气血虚寒、阳虚、宫寒等体质因素有关，所以针对这类体质人群服用同仁乌鸡白凤丸更为适宜。
