1、当要移动的原子没有与别的键连接时，移动方法如下：1.选择套索工具（或键工具），并按住Shift键；2.用鼠标指向要移动的原子，此时原子上出现方形选择块，单击鼠标即可把原子移动。
2、当要移动的原子与别的键连接时，则与之连接的键都发生移动，具体方法如下：1.选择套索工具（或键工具），并按住Shift键；2.选中下图左图中的OH原子或H原子，就可用鼠标进行移动，与之连接的键都发生移动，下图右是移动的结果。
3、如果把移动中的原子放在邻近的原子上，那么两原子间的键将消失。这可以方便的改变环的元数。如下图就是移动与COOH连接的H原子的结果。
