1、(1)参考文献中期刊名的表达混乱。对于一些非英语国家的期刊来说，除了英语期刊名外，还有期刊所在国母语的期刊名，作者在引用这些期刊所发表的论文时，对期刊名的标注常很混乱。如1999年ISI新收录的一份中文版期刊Chinese Journal of Geophysics-Chinese Edition，JCR统计其在2000年的总被引频次为13。详细的检查发现，该刊在2000年至少被引了256次，差距甚大。因此，对ISI所收录的非英文版期刊，其引证指标的准确性很值得怀疑，而非英语国家被ISI收录的期刊有相当一部分是以本国语言出版的，如2001年度JCR中所列的46种中国期刊有10种是以中文形式(附英文摘要)出版的，约占总数的22%。
2、(2) 同名但不同语种期刊间的相互干扰。大多数中国的英文版期刊同时有一份同名的中文门溘曝晖版期刊，且多属同一个单位或编辑部来运作，但期刊有各自的中国刊号和蒌舟镗账国际统一的ISSN，所刊载的论文内容也不尽相同，应属二个完全不同的期刊。2000年SCI光盘版收录的12种中国英文版期刊中，有8种属于这种情况。ISI在统计这类期刊的被引证时，常对被引证条目在期刊来源上不做甄别。例如，通过对SCI的网络版检索表明，1996年Chinese Science Bulletin (CSB) 发表的论文在1998年共被引用了147次，但分析后发现，其中有91次是属于错引，且错引中有52次是由CSB中文版所贡献的，有4次是检索系统的重复收录，另有35次中英文两种版本上均追溯不到(其中不能排除作者的标注错误)。不难推断，由这些统计数据所计算的引证指标与实际情况也相差甚远。
3、 自引问题。由于评价中对影响因子和被引频次的强调，有些期刊的编辑和论文的作者人为操纵“引用”的现象十分严重，即期刊和作者的自引在期刊和论文的被引频次中占有极高的比例，而这种情况在JCR中所给出的引证指标中是无法发现的。之所以要强调这一点是因为我们发现有些期刊的影响因子和论文的被引频次中有90%以上都是由期刊和作者的自引所贡献的，对于这类期刊的影响因子和论文的被引频次，在评价中显然不能赋予其学术水平指示意义。
