1、首先最用户影响最大的是支持单个文件大小的上限不一样：FAT32支持单个文件体积最大4GB，超过了系统就不识别，提示磁盘空间不足。NTFS支持的文件体积理论无上限，能支持到单个文件是你磁盘容量的大小。由上述开出，FAT32比较老了，现在一个游戏动辄6G、10G的，电影20多G的，只有用NTFS格式的磁盘支持了。
2、对磁盘进行分区时单个分区容量不一样 ：NTFS支持的最大分区是2048GB，FAT32支持的最大分区是32GB差距巨大，显然以现在的硬盘大小，fat32分区不合理了。
3、安全防护设置等级不一样：FAT32不支持对文件夹、文件进行加密、修改、运行、读取目录及写入权限的设置。NTFS：支持对文件夹、文件进行加密、修改、运行、读取目录及写入权限的设置。点击右键--属性即可设置。
4、磁盘空间的利用率不一样：FAT32：磁盘分区小于8GB时簇的大小是4KB；分区大小在8GB～16GB时簇的大小是8KB； 分区大小在16GB～32GB时簇大小是16KB。NTFS：磁盘分区簇的大小几乎都为4KB。 那么采用NTFS分区磁盘利用率明显更高，虽说微乎其微。
5、对系统文件压缩不一样：FAT32：不支持系统文件压缩NTFS：在系统文件高级属性中可以设置给单个文件或整个文件夹压缩，读取是会自动解压缩，节省磁盘空间。
6、应用领域的区别：在目前阶段，FAT32：主要使用在U盘，存储卡等相对存储空间小的存储设备上，NTFS：主要应用服务器、大容量硬盘的分区上
