性质不同：构造异构是由相同元素的相同数目的原子组成，但是它们的原子按照不同的方式排列。也就是说分子式相同，但是分子中原子相互连接的顺序和方式不同。高中所学的同分异构体就属于这些了。构象异构是具有一定构型的有机物分子由于碳、碳单键的旋转或扭曲（不是把键断开）而使得分子各原子或原子团在空间产生不同的排列方式的一种立体异构现象。
分子有各种构象异构体，室温下总是以其最稳定的构象为主要的存在形式为优势构象。偏离优势构象就会产生扭转张力，所以构象异构体之间相互转化就必须克服扭转张力。一般为12~20kJ/mol。而在室温下分子碰撞可产生84KJ/mol的能量，所以室温下难以分离。
构象、构象异构体的特点
需要注意由于单键可以自由旋转，分子中的原子或基团在空间会产生不同的排列，这种特定的排列形式称为构象。由单键旋转而产生的异构体称为构象异构体(或旋转异构体)。各构象异构体是同一种物质。
σ键旋转一周，可以产生无数个构象异构体。其中二面角为0°的构象为重叠型构象，二面角为60°的构象为交叉型构象。重叠型构象和交叉型构象是两种极端情况，也称为极限构象。
