1、一、软体动物1、危害常见的软体动物主要有蜗牛和蛞蝓等，生长在阴暗潮湿的草丛、落叶内或石块下昼伏夜出嚼食羊肚菌子囊果，严重危害羊肚菌。2、防治方法通过人工捕杀清除软体动物；蛞蝓药剂进行防治措施：豆饼或炒香棉籽饼与敌百虫按10：1的比例制成毒饵，傍晚时候每亩地施撒4-5kg进行诱杀。
2、二、白蚁1、危害 白蚁直接啃食菌种，造成严重损失。2、防治方法白蚁危害多发生在林地、腐殖质落叶丰富的不动土田地，因此可以通过播种前暴晒田地进行；对新开垦的田地在播种前，每亩地投放50-75kg生石灰，可有效地减少白蚁侵害；发生白蚁危害时，可用48%乐斯本乳油1000-1500倍液喷淋防控。
3、三、老鼠1、危害嚼食菌种和幼菇。可以通过常规捕鼠或灭鼠手段防控。
4、四、跳虫1、危害跳虫会在辎业宾羞土壤缝隙内活动嚼食羊肚菌菌丝；跳虫会钻进外源营养袋中，在袋子内繁衍生息，造成菌丝破坏和营养流失。春季温暖湿润季节会嚼食子囊果，使得被嚼食夸臾蓠鬏过的子囊果部位发育受阻，容易导致其他病害的发生。2、防治方法播种前30天，对种植地进行翻耕，每亩地施入50-75kg生石灰，土壤翻耕后进行暴晒。清除田间的农业废弃料，特别是玉米秸秆等含糖量丰富的杂物，可以有效减少滋生营养源。水稻田的灌水作业也可以有效的杀灭跳虫及虫卵。对于跳虫比较严重的地方，可以根据跳虫的喜水习性，在有跳虫的地方小盆盛清水，等跳虫进入盆中后再换水诱杀，连续进行几次，可以有效减少虫口密度。
5、五、螨虫1、危害螨虫主要危害菌丝体，同时也会咬食子实体。2、防治方法螨虫大量发生，可用杀螨剂处理畦面。
6、六、草害1、危害杂草、苔藓等植物大量发生的田块，羊肚菌的产量低。2、防治方法播种后用黑、白色薄膜覆盖畦面，可以有效控制杂草丛生，同时也可以适当进行通风，降低土壤湿度。
7、七、真菌傍猓鲡凶病害1、危害真菌病害爆发会使得子囊果表面发霉，白色气生菌丝旺盛，从而使得菇体腐烂、死亡或畸形，严重影掌哆谜牌响品质。2、防治方法羊肚菌真菌病害目前暂未有确切防治办法，主要以防控为主，主要防控措施如下：播种前对种植地暴晒7天以上，可以有效防治霉菌病害的发生。避免出菇时节长时间高温高湿，需加强这段时间的通风、降湿、降温，防控病害的发生。在播种补料环节，高温季节菇床会有不同程度的霉菌发生，这是就可以喷洒生石灰并掩埋。对于镰刀菌，可以使用克霉灵或硫酸铜进行防控。
8、八、细菌性病害细菌病害多发生于出菇环节，伴随着高温高湿天气爆发，主要危害症状为菌柄变红、腐烂、发臭。羊肚菌在接种前培养料要进行高温灭菌，营养包铺设前也要进行灭菌，菌种下土前，土壤要进行消毒，每亩喷洒益富源土壤消毒液3-5公斤，下土后定期喷洒菌菇生态宝抑制病菌杂菌，保护羊肚菌生长。
