1、 1、对于侵犯商业秘密犯罪案件的级别管辖，各省高级人民法院均有不同规定。侵犯商业秘密刑事诉讼的立案管辖是由犯罪地的人民法院管辖，实践中权利人通夸臾蓠鬏过将侵权产品的发现地作为犯罪结果发生地而选管辖法院，其结果多是方便了原告，却给被告带来异地诉讼的不便。 所以，侵犯商业秘密犯罪案件的诉讼管辖是一个复杂的问题，无论是理论研究还是司法实践，都应对侵犯商业秘密犯罪案件的诉讼管辖给予关注，毕竟管辖是进行刑事诉讼首先必须解决的问题。
2、 2、对于侵犯商业秘密犯罪案件移送管辖，对侵犯商业秘密案件而言，管辖权的不仅是人民法院，还包括行政执法机关。行政执法机关与司法机关间的案件移送，包括行政执法机关刑事案件涉嫌犯罪移送和民事侵权案件涉嫌犯罪移送两个问题。 行政机关处理案件依法移送，是当前侵犯商业秘密案件刑事诉讼案件受理很少的一个最直接的原因，亦是造成目前我国刑事立法规范和执法效果不成比例的一个主要原因。
3、 3、在审理商业秘密诉讼民事案件过程中，即使发现被告的同一侵权行为可能达到犯罪的程度，在原告自己没有提出刑事自诉的情况下，是否应当将案件乍为刑事案件移送公安机关处理也没有明确法律依据。所以实践中几乎没有将审理中的侵犯商业秘密民事侵权案件作为刑事案件进行移送的情况。
4、 4、对于侵犯商业秘密案件，除严重危害社会秩序和国家利益的以外，均为刑事自诉案件。但目前没有任何关于侵犯商业秘密构成“严重危害社会秩序和国家利益的”情形的具体解释。这也是导致法院无法决定案件移送与否的一个直接原因。 另外，对于侵犯商业秘密案件刑事公诉与自诉两种诉讼方式的界和衔接，有待澄清。
