如何利用pubmed blast引物,验证引物的准确性

 时间:2024-10-19 12:55:47

1、第一:百度搜索pubmed,点击pubmed主页,进入pubmed主页,下拉到最底下,选择FEATURED那栏的Primer-Blast,点击进入新页面。新页面除了修改图二Use my own forward primer (5'->3' on plus strand);Use my own reverse primer (5'->3' on minus strand)和图三Organism两个部位,其他部位不需要改动。

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2、第二:Use my own forward primer (5'->3' on plus strand)在这一栏的空白处输入你获得引物的前导链,(比如我在文献中获得引物MD-2,rattus,ATCTGCAACTCCTCCGATGC),在Use my own reverse primer (5'->3' on minus strand)在这一栏相对应的输入后随链(比如:GCACAAATCCATTGGTTCCCT)。然后将Organism那个部位的人源性改成大鼠源性即改为Rattus(根据你获得的引物的种属来看,如果你的种属是人源性就不需要改)

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3、第三:完成步骤二后点击页面左下方的get primers,进入新页面。得到引物验证的结果。出现该引物的特性,转录特异性,长度和引物温度之类的所有相关指标。例子中的结果表明该条引物特异性并不是很好,有两条转录变异本。建议换一条。

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