1、水溶性的化合物首选的提纯方法还是结晶，操作简单成本低，但前期对纯度要求较高。结晶纯化固体成分时，要求A．试样应初步纯化再用结晶B．溶剂对欲纯化的成分应热时溶解度大，冷时溶解度小C．溶剂对杂质冷热均溶或均不溶D．趁热滤过后的母液应低温析晶E．溶剂与欲纯化的成分不发生化学反应
2、脂溶性化合比较复杂，比较通用的方法是溶剂萃取，而后蒸馏，根据纯度判断是否需要色谱、多糖类化合如果纯度要求不高，乙醇沉淀就比较不错。利用化合在两种互不相溶（或微溶）的溶剂中溶解度或分配系数的不同，使化合品从一种溶剂内转移到另外一种溶剂中。经过反复多次萃取，将绝大部分的化合品提取出来。分配定律是萃取方法理论的主要依据，物质对不同的溶剂有着不同的溶解度。同时，在两种互不相溶的溶剂中，加入某种可溶性的物质时，它能分别溶解于两种溶剂中，实验证明，在一定温度下，该化合与此两种溶剂不发生分解、电解、缔合和溶剂化等作用时，此化合品在两液层中之比是一个定值。不论所加物的量是多少，都是如此。属于物理变化。
3、要求较高可以考虑膜过滤：膜过滤是一种精密分离技术，可以实现分子级过滤，它是利用膜孔隙的选择透过性进行两相分离的技术。以膜两侧的压力差为推动力，使溶剂、无机离子、小分子等透过膜，而截留微粒及大分子。膜的过滤是固液分离技术，它是以膜孔把水滤过，将水中杂物截留，而没有化学变化，处理简易的技术，但因膜孔非常细小，相应的存在某些技术问题。在给水也有用生物膜处理原水的方法，但它与过滤膜分离不同。
4、一般生物发酵液通用的方法：树脂富集（根据化合含量判断是否需要）+离子色谱+结晶+重结晶有一些化合物可以硅胶洗脱+GPC+溶剂蒸发结晶诸多化合考虑到超临界萃取。超临界为超临界流体，是介于气液之间的一种既非气态又非液态的物态，这种物质只能在其温度和压力超过临界点时才能存在。超临界流体的密度较大，与液体相仿，而它的粘度又较接近于气体。当然这些提纯化方法的选择需要根据实际情况而定，并不能因为有的纯化方法简单易行就选择其用。
