1、 异麦芽低聚糖在进入人体肠道后，为肠道内的有益菌吸收分解，产生大量的短链脂肪酸，能刺激肠道蠕动、增加粪便润湿度并保持一定的渗透压，并抑制外源致病菌和肠内固有腐败细菌的增殖，减少有毒发酵产物及有害细菌的产生。帮助有益菌菌通过磷脂酸与肠黏膜上皮细胞相互配合，与其它厌氧菌共同占据肠黏膜表面，形成一层具有保护作用的生物膜屏障，阻止有害菌群的入侵，从而达到防治便秘，抑制肠道有害菌群的增殖，改善肠道环境和保护肠道的作用。
2、 异麦芽低聚糖能被大多数双歧杆菌发酵利用，服用后可促使肠道中的双歧杆菌数量明显增多。它通过双歧杆菌等来抑制肠内有害菌的繁殖及有毒腐败物质的产生.具有净化肠道、促进肠蠕动、防或解除便秘、增进机体免疫力、降低胆固醇及血脂等效应。
3、 由于其可促使人体内的双歧杆菌显著增殖，具水溶性膳食纤维功能，热值低、防龋齿等特性，所以是种应用广泛的功能性低聚糖，目前市面上异麦芽低聚糖产品主要有立健这类的养肠保健品。
