1、重复序列、杂合度、GC含量、外源DNA污染对复杂基因组测序组装的影响如下所示：（1）重复序列影响：由于复杂基因组重复序列含量高，并且分布在基因组的不同位置，在测序组装时容易产生缺口、错误组装和串联重复的压缩，进而会使得组装出的基因组小于该物种的实际基因组。
2、（2）杂合度影响：当物种基因组杂合度高时，针对杂合区域，会将两条染色单体都组装出来，进而使得组装出来的基因组大于该物种的实际基因组。以F锾攒揉敫alcon为例，针对杂合区域，其组装结果既包含Primary序列，还包括bubble序列，会造成组装结果大于实际基因组。此外，多个物种的测序经验表明，随着杂合度的升高，组装算法的指标（Contig N50）也会显著下降。
3、（3）GC含量的影响：由于NGS测序具有GC偏好性，当用二代测序为主要测序手段时，高含量的GC会导致基因组组装碎片化，从而影响组装结果的完整性。而以PacBio为代表的三代长读长技术，不存在GC偏好性，因此GC含量对其测序组装的基因组影响较小。
4、（4）外源DNA污染的影响：当某个物种与其他物种存在共生、寄生关系，此外种的基因组往往会受到外源DNA的污染，在测序时会降低reads的覆盖度，这在藻类植物中尤其明显。
