主要区别是，科目分类不同、形态特征不同、产地生境不同，具体如下：
一、科目分类不同
1、蓝目菊
蓝目菊，别名非洲万寿菊、非洲雏菊、大花蓝目菊。是菊目、菊科、菊属植物。
2、玛格丽特
玛格丽特，别名蓬蒿菊、东洋菊、法兰西菊、小牛眼菊、少女花。是桔梗目、菊科、木茼蒿属植物。
二、形态特征不同
1、蓝目菊
基生叶丛生，茎生叶互生，长圆形至倒卵形，通常羽裂，全缘或少量锯齿，叶面幼嫩时有白色绒毛。花径7.5㎝左右，舌状花白色，先端尖，背面淡紫色，盘心蓝紫色。有单瓣、重瓣之分。花期夏秋季。
2、玛格丽特
叶宽卵形、椭圆形或长椭圆形，二回羽状分裂。一回为深裂或几全裂，二回为浅裂或半裂。舌状花瘦果有3条具白色膜质宽翅形的肋。两性花瘦果有1-2条具狭翅的肋，并有4-6条细间肋。冠状冠毛长0.4毫米。花果期2-10月。
三、产地生境不同
1、蓝目菊
原产南非，不耐寒．忌炎热，适宜温度18℃~26℃，喜向阳环境。宜排水良好的土壤。
2、玛格丽特
原产于非洲加那列亚岛。喜凉爽湿润环境。阳性，不耐炎热，怕积水怕水涝，夏季炎热时叶子脱落，耐寒力不强，冬季需保护越冬，要求土壤肥沃且排水良好。
以上内容参考百度百科-蓝目菊、百度百科-玛格丽特花
