1、首先，环保立案之后会展开一系列的调查程序，这里其中包括询问当事人，现场勘查、检验鉴定什么的。除和当事人作调查材料之外，其他的工作基本上都是由专业人员来做。当事人在接受询问的时候，要根据权利告知书上的内容，维护自己的权力，具体的内容调查人会在谈话前出示，自己仔细阅读就可以了。
2、其次，环保立案之后，会进行检验、鉴定，然后再进行认定。不论结果是什么，调查的人都会通知当事人，当事人对检验鉴定的结果提出异议，可以书面提出重新检测和鉴定。
3、再次，有些时候，环保立案之后，会对相关的场所或者其他证据进行登记保存，或者查封、暂扣，在这个时候当事人应当注意，一是物品的数量，二是处置的时间，比如说作登记保存的，过了7天之后就自动解除了。
4、第四、环保立案调查后，发现当事人确实违法了，会决定行政处罚，这个时候他们会出具行政处罚决定书，并且将处罚书送给当事人，当事人如果对处罚不服，可以向处罚单位的上一级申请复议。这里再提醒一下，复议也是有时间限制的，注意看一下处罚决定书下面就知道了。
5、第五，撤销案件。环保立案调查之后，发现当事人并没有违法，那么他们也会把这个案件撤销掉。这也要开具文书，工作人员也会通知当事人。这里也要注意，案件撤销了，以前扣押、查封的物品有的也应当退还。
6、第六、环保立案调查后，如果发现违法行为比较严重，已经达到犯罪的标准了，这样他们会把案件移交给公安部门。
