区别：
1、处罚程度不同：
停职检查是指由党的组织或纪检机关对犯有严重错误，按照一定的程序 ，临时停止其所担任的职务的一种组织措施。
行政撤职是指任免机关或者行政监察机关给予违反行政纪律，需要承担行政纪律责任。
责令辞职是指任免机关根据领导成员任职期间的表现，认定其已不再适合担任现职，通过一定程序责令其辞去现任领导职务。
2、三者的性质不同：
停职检查和责令辞职属于组织处理措施的范畴。
行政撤职属于对公务员的行政纪律处分的范畴。
3、适用范围不同：
停职检查和责令辞职适用于党政领导干部。
行政撤职适用于国家公务员。
停职检查：是指由党的组织或纪检机关对犯有严重错误，已不适宜担任现任职务或对抗 、阻挠、干扰、破坏对其问题的查处，妨碍案件检查工作开展的党员干部，按照一定的程序 ，临时停止其所担任的职务的一种组织措施。
行政撤职处分：是指任免机关或者行政监察机关给予违反行政纪律，需要承担行政纪律责任的公务员的一种行政处分。
责令辞职：是指任免机关根据领导成员任职期间的表现，认定其已不再适合担任现职，通过一定程序责令其辞去现任领导职务。
参考资料：百度百科-停职检查
参考资料：百度百科-行政撤职
参考资料：百度百科-责令辞职
