在中国，区域卫生信息化建设的核心工作是建设基于健康档案的区域卫生信息平台，该平台的内涵是以区域内健康档案信息的采集、存储为基础，能够自动产生、分发、推送工作任务清单，为区域内各类卫生机构开展医疗卫生服务活动提供支撑的卫生信息平台。平台主要以服务居民为中心，兼顾卫生管理和辅助决策的需要，其核心是建立居民档案，实现信息共享，提供服务。
2009年，在卫生部领导下，业内专家和厂商对区域卫生信息平台的业务需求和技术需求进行分析，在《基于健康档案的区域卫生信息平台建设指南》（试行）中，提出了基于健康档案的区域卫生信息平台的系统逻辑框架。这个逻辑框架除了给出平台的基本构成外，最重要的是明确将集成平台与各应用系统区别开来。它们之间的联系通过区域卫生信息交换层（Health Information Access Layer,HIAL）实现信息交换。
系统总体架构分为两个层次：区域卫生管理层（平台）和辖区卫生机构层（应用）
区域卫生管理层，表示区域卫生信息平台的管理中心，在实际应用中可以是一个地市级卫生信息数据中心，也可以是更高一级的数据中心。区域卫生管理层主要提供一系列服务，作为服务于卫生医疗区域（如省、地区、县市卫生管理机构）的单一实体而存在，主要服务组件包括注册服务、公卫数据服务、医疗数据服务、全程健康档案服务、数据仓库服务等。
辖区卫生机构层，是指在所管辖的区域范围内相关医疗卫生机构（包括三级医院、二级医院、社区卫生服务中心、公共卫生机构等）所有业务应用系统，这些系统通过信息化的业务活动生成、收集、管理和使用那些可以公布的与区域范围内居民相关的健康数据，包括临床医疗数据、健康档案数据、公共卫生管理数据等。这些应用分布在所有为居民提供医疗卫生机构的服务点，为广大老百姓提供各类健康服务。
区域卫生信息管理层和辖区卫生机构层之间通过区域卫生信息应用访问层（HIAL）来进行信息交互，以实现健康档案的互联互通性，信息访问层所提供的服务主要包括两个方面：一方面提供通信总线服务，如消息传输服务、消息路由等；另一方面提供应用软件通用的系统管理功能，如安全管理、隐私管理、应用审计等。
