1、合理轮作：长时间的连作重茬会造成西瓜烂根，也会导致*壤中的养分失调，不能满足西瓜生长的需要，进而造成西瓜烂根。因此，建议实行轮作，避免连作重茬。增施有机肥，切勿施用未腐熟的有机肥，避免造成烧根。
2、高垄栽培：高垄栽培不但可以增加土层的厚度，还有利于根部的发育，同时还能改善西瓜根茎部的生长环境，降低了湿度，减少了病菌的侵染机会，可以有效预防西瓜的根腐病的发生。
3、水肥管理：西瓜种植期间要避免化肥用量过大，循序渐进才能有效果，过多的营养只会成为负荷，会灼伤根系，使根部腐烂；有机肥在使用前要充分腐熟；田间适时浇水，使床土保持湿润，避免瓜苗因土壤缺水而烧苗，但水分不要过量，防止田间长期过湿，出现烂根，加重病害发生率。
4、通风防晒：一般西瓜苗长出需要一周左右，若是在大棚中种植，要打开育苗大棚的两端，保持通风。如果遇到阳光强烈、高温天气，要在大卜慑坜孜棚上方铺一些稻草，等到过两天早晚阳光不强烈时，将稻草取下，全部敞开。遇到大风大雨天气要做好苗床保护，等到苗泛青后全部敞开，让西瓜适应露天环境，有利于西瓜的生长。
5、根线虫防治：根线虫是引致西瓜烂根的其中一种可能。主要危害是在根部，西瓜根部会生长出大小不一的瘤状物根结，阻碍根系吸收土壤中的营养和水分。长时间吸收不了水分，导致根部腐烂。因为根线虫虫体较小，主要生活在深*壤中，初期症状不明显，应提前做好根线虫的前期预防工作，避免西瓜烂根现象。
