第一.因为超线程技术是对多任务处理有优势，因此当运行单线程运用软件时，超线程技术将会降低系统性能，尤其在多线程操作系统运行单线程软件时将容易出现此问题。
第二.在打开超线程支葆扒豳峤持后，如果处理器以双处理器模式工作，那么处理器内部缓存就会被划分成几区域，互相共享内部资源。对于不支持多处理器工作的软件在双处理器上运行时出错的概率要比单处理器上高很多。
第三.目前因为很多工作站软件为Windows2000操作系统进行过优化，但是采用Windows2000这样的操作系统的工作站无法完全利用超线程技术的优势，也带来不了高的工作效率
第四.超线程技术只能提高40%左右的性能（测评时可以看成50%，即Corei3的执行效率为3核速率，Corei54核HT与Corei7的执行效率为6核速率）与双核心区别超线程（HyperThreading）技术，是近几年在程序处理上比较经典的解决方案，具有超线程技术的CPU，搭配支持超线程技术的Windows系统（WindowsXP/2003），可以减少系统资源的浪费，从而提高了处理器的工作效率。实际上，超线程技术是把一个处理器模拟为两个处理器使用，这样能有效地利用和分配资源，达到提高整体性能的目的，这就是为什么超线程CPU在系统中也会被识别成两个CPU的原因。双核心CPU则不同，双核心处理器的概念就是将两颗处理器的芯片，通过全新的封装技术，整合成为一颗处理器，在这一颗处理器中拥有两颗核心，真正地实现了多处理器协同工作。双核心处理器核心内的资源都是独立的，而且也可以交换使用资源，核心与核心之间沟通的延迟远比多个单核心处理器同时运行好。
