1、一，废水盐度过高。盐度过高时渗透压过高，导致微生物脱水引起质壁分离，同时酶活性降低。高盐还会使水的密度增加，例如海水的密度是盐度，温度，压力的函数（S，t，p）。水的密度增加会导致污泥上浮，微生物流失。
2、二，聚磷菌虽然在吸磷的过程中不择价态，但根据大量研究表明，PAOs更多地吸收正磷和有机磷，对于偏磷（次磷，亚磷，焦磷）吸收效果并不理想。
3、三，工业废水中含有较多高分子络合剂时，水质可生化性差，除磷效果差。
4、化学除磷法通过投加铝盐、铁盐等除磷剂，使磷转化为不溶性磷酸盐沉淀。例如铝盐类除磷剂，Al3+一方面与磷酸根结合，一方面发生水解反应生成Al(OH)2+等络合物，通过吸附架桥、网捕卷扫使得水中原有胶体脱稳，与其结合为大分子后，絮凝沉淀。
5、很多研究者致力于新型除磷剂的研发，如MAP，铝镁基复合盐HMC除磷剂等，力求寻找最佳处理效果。若在条件允许情况下，生化物化协同除磷效果可稳定达到95%以上。如果除磷剂选择准确，投加时机得当，去除率更高。
