如何设计circRNA定量引物

 时间:2024-10-13 00:02:20

1、首先,寻找目标circRNA的序列。circbase网站是常用的circRNA查询网站。打开网站后,在搜索框中输入circRNA ID,记得前边加上物种 (如人:hsa)。

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2、然后,搜索后可以看到circRNA相关信息。 点击最右方的fasta, 查找circRNA的fasta格式文件。

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3、点击 “spliced”,得到circRNA的拼接序列。点击“search”,下载得到txt格式的文件,写字本打开后,可以看到circRNA序列。

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4、接着,将序列复制到word文档中,找到前段1猱蝰逾鸾50bp序列(如图:黄色)和后段150bp序列(如图:红色)。将后段150bp序列放到前段150bp序列前方,如图所示,得到新得一段300bp序列。

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5、设计引物。使用NCBI设计引物粘贴序列后,将PCR产物长度改为70~150. 其他不需要更改。点击“get primers”.

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6、等待一分钟左右。网站分析得到很多引物,一般选取第一个。注意,引物扩增得到的片段必须包含150bp处的位点。可以将引物在NCBI中blast,查看引物的特异性。

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7、一般多选取几个引物对进行实验。

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