中山磊大栖誊杉和水杉的主要区别是，科目分类不同、形态特征不同、生境分布不同，具体如下：
一、科目分类不同
1、中山杉
松杉目、杉科、落羽杉属、落羽杉、池杉、墨西哥落羽杉种。
2、水杉
松杉目、杉科、水杉属、水杉种。
二、形态特征不同
1、中山杉
树皮为长条片状脱落，棕色；枝条呈水平开展；树冠以圆锥形和伞状卵形为主。树叶呈条形，互相伴生，叶子较小。雌雄球花为孢子叶球，异花同株；球果圆形或卵圆形，有短梗，向下垂。种子为不规则的三角形或多边形，皮质较厚。花期4月下旬，球果成熟期10月。
2、水杉
小枝对生，下垂。叶线形，交互对生，假二列成羽状复叶状，球果下垂，近四棱状球形或矩圆状球形，成熟前绿色，熟时深褐色，鳞顶扁菱形，中央有一条横槽，基部楔形，种子扁平，倒卵形，间或圆形或矩圆形，周围有翅，先端有凹缺，初生叶条形，交叉对生，下面有气孔线。花期2月下旬，球果11月成熟。
三、生境分布不同
1、中山杉
中山杉主要分布于中国江苏、浙江、云南和重庆等地。 耐湿、耐腐蚀和耐盐碱。适生于长江中、下游及其以南地区平原湿地和沿海滩涂地。
2、水杉
分布于湖北、重庆、湖南三省交界的利川、石柱、龙山三县的局部地区，多生于山谷或山麓附近地势平缓、土层深厚、湿润或稍有积水的地方，垂直分布一般为海拔750~1500米。
