1、青枯病是辣椒生产过程中毁灭性病害，它发病时正午叶片萎焉，傍晚恢复正常，直至最后萎焉而无法恢复。在露地栽培时，雨后极易造成大面积的死亡，直至死亡后还会保持原有的青色，外表症状不明显，将其茎切开，可见乳白色的黏液流出，伴有臭味，是一种细菌性病害。防治方法：避免和番茄、茄子等茄科作物连作，最好和十字花科轮作，采用高垄地膜覆盖栽培，切记大水漫灌，在雨后要及时排水，中耕除草时要注意，不要损害到根系。发现病株及时拔除，并对病穴做好消毒工作，同时全面喷洒新植霉素或喹啉铜分枝。
2、疫病，也是一种毁灭性病害，苗期和成株皆可发病，幼苗发病时茎基部出现水渍状病斑，逐渐缢缩，导致幼苗倒伏腐烂，最后枯萎而死。成株发病时，叶片出现淡绿色的病斑，逐渐扩大，在湿度较大时，病斑上可见白色霉状物，最后叶片软腐脱落。茎部发病时出现水渍状病斑，逐渐扩散成不规则形褐斑，绕茎一圈后会导致皮层腐烂，最后导致植株折倒。防治方法：合理密植，不宜大水浇灌，搞好田间卫生，及时清理病残株，带出田间烧毁，发病时可喷洒甲霜灵锰锌或普力克防治，效果较好。
3、根腐病一般发生在定植后，发病时植株顶部叶片萎焉，傍晚或早晨恢复，如此反复几次后，叶片会全部萎焉，但颜色仍为绿色。茎基部会出现褐色的病斑，逐渐腐烂，露出木质部，在潮湿环境时会长出白色或粉红色的霉层，即为病菌的分生孢子。防治方法：要做好田间水分管理，以免潮湿环境易诱发此病，尤其是在雨季后要及时排水并松土。发现病株及时拔除带出田间，并用石灰撒施病穴消毒，在全面喷洒药剂防治。
