《宝可梦》的起源如下：
在很多很多年以前，宇宙还是一片混沌，什么都没有。在混沌的某个角落，孕育出一颗蛋，蛋孵姝耒匝揎化以后，诞生了世界上第一只神奇宝贝，阿尔宙斯。这也是阿尔宙斯是被称为神奇宝贝的始祖，或者神奇宝贝之神的由来。
随后，混沌再次创造出了骑拉帝纳、帝牙卢卡、帕路奇亚三只宝可梦。阿尔宙斯给了帝牙卢卡与帕路奇犽掌控时间和空间的能力，给了骑拉帝纳掌控反物质的能力。帝牙卢卡和帕路奇亚利用时间和空间的能力，为初始的宝可梦世界的形成打下了基础，而骑拉帝纳却因为破坏了这个世界的规则而遭到了惩罚。
初始的宝可梦形成了，神奇宝贝世界也开始渐渐成型。随着世界一起出现的，还有传说中的神奇宝贝，也就是我们现在所说的神兽。比如海洋里出现了盖欧卡，陆地上出现了固拉多，天空中出现了裂空座。在这个创世时代，还有一只我们非常熟悉的初代宝可梦，就是梦幻。
后续
在创造了世界和众多传说中的神奇宝贝后，混沌也进入了沉睡，创世时代结束。
几十亿年之后，史前时代到来，人类也开始慢慢诞生。从创世时代就开始存在的宝可梦变得越来越多，此时的宝可梦多半以史前形态存在着，比如化石盔，镰刀盔，化石翼龙。这些神奇宝贝在世界上生活了约两亿年。
