1、选择容器和基质。柠檬是乔木，植株生长较快，需要选择适合植株的大容器，且一旦植株生长过快要及时换盆。柠檬适宜栽植于土层深厚、排水良好、中性微酸的土壤内，需肥量较大，可在土内加入控释肥和有机肥做底肥。
2、入盆。在盆底铺上碳球做铺底石，并加入适量土壤。将柠檬根部一些烂根、老根剪除，放入盆中，覆上新土，压实。可在土壤表层铺上一层质量稍重的铺面石，可以牢固根部，防止倒伏。
3、缓苗管理。入盆后注意遮阳、通风，可勤浇水，但要保证土壤润而不渍，以免烂根。水中可加入适量的生根液，促使根系、新梢生长。不宜施肥。待新苗成活后，再正常管理。
4、养护管理。柠檬性喜温暖，耐阴，不耐寒，也怕热，养护过程中要注意温度调节。喜水肥，浇水要干透浇透。生长期肥料以速效性氮肥为主，配合施用磷肥、钾肥，要做到勤施薄施。在花果期，注意加大磷钾肥的施用量。
5、合理修剪。夏季采抹芽、摘心，冬季采用疏剪、回缩相结合，在生长过程中也要注意及时将病枝弱枝剪掉。如果花果过多，疏花疏果也是很必要的。
6、人工授粉：盆栽柠檬要进行人工授粉，这是能多挂果的重要措施，授粉在开花后及时进行，上午9点-10点进行授粉效果较好
7、病虫害防治。柠檬的抗病虫害能力很强，但仍然要注意预防，可用阿维啶虫脒和己唑多菌灵进行喷施预防，在栽培管理上要注意清洁卫生，通风透光也很重要。
