微生物肥料的长期使用可以。微生物肥料可以长期使用，用来修复被污染的土壤，这个说法是完全正确的，微生物对修复金属污染有机污染盐碱化荒漠化等土地等都有一定的功效，微生物肥料对解决土壤问题有一定的好处，使用微生物肥料后，不仅能大量减少化肥的使用量，还可以降低农药使用量，减少农药在作物里面的残留量。
微生物肥料具有生态适应性，使用时一定要依据当地的生态状况作物品种土壤类型和耕作方式确定具体使用方式和施用量，这样才能达到比较好的作用效果，微生物肥料可以作基肥，追肥进行沟施或穴施，还可拌种浸种蘸根生物有机肥一般是作基肥，种肥追肥使用，农用微生物菌剂除了可以作基肥种肥追肥外还可作叶面喷施等。
