1、以便秘发生时间来区别一般来说，足月出生的健康小儿，大多数会在出生以后48小时内有胎便排出来。如果出生后超过48小时未见排便，就要请专科医师诊治一下，排除小儿巨结肠发生的可能性了。而一般的小儿便秘多发生在2-3岁期间。
2、以是否有腹部胀气辨别对于小儿巨结肠者来说，由于小肠和直肠扩张，会发生腹部胀气现象，严重时甚至出现呕吐情况；而小儿便秘的话，一般不会发生腹胀甚至呕吐现象。这一点属于比较本质的区别了。
3、有否消瘦营养不良发生巨结肠小儿由于长期腹胀便秘，食欲下降导致营养物质摄入与吸收不够，慢慢的出现小儿消瘦营养不良现象；而小儿便秘一般不会出现消瘦营养不良的现象，这点区别也蛮重要。
4、观察小儿是否害怕排便不管小儿处于生长的哪个阶段，对于排便的害怕程度也可以观察一下。如果是巨结肠小儿，一般不会发生害怕排便的情况；而如果是普通的小儿便秘，则属于比较排斥和逃避排便的。
5、是否经常有憋便的情况小儿巨结肠的话，平时一般不能看到小儿有憋便情况；因为肠道中粪便不多；而普通小儿便秘的话，就可以经常观察到憋便情况了；大多肠道中有粪便而未排出的缘故。
6、通过医学检查发现不同如果通过以上的方式，还无法辨别属于小儿巨结肠或小儿便秘的话，就要通过专科医院的专科医师诊治，和专用仪器检查来发现二者的不同了。通过特定造影剂的灌肠进行X线透视，可以发现巨结肠小儿的病理改变；而小儿便秘没没有病理改变出现。
