1、病虫害绝大多数的畜禽粪便当中含有大量的致病菌、线虫等病虫害传染源，直接使用畜禽粪便会导致这些病虫害以及土传病害的传播，农作物就特别容易患上多种病虫害和土传病害。出现病虫害和土传病害就必然会导致农民使用更多的农药来消除作物的病虫害和土传病害，不仅仅增加了农作物的用药成本，而且还会使得食物当中的农药残留增加，对于人民的身体健康和食品安全也是有危害的。
2、二次发酵（烧苗）一些发酵不充分的畜禽粪便在施肥到地里之后，温度达到了发酵的条件，就会开始二次发酵。如果发酵的位置接近于作物根部并且注目的植株比较小的话，就会很容易出现烧苗的现象，严重的还会导致作物植株整棵死亡。
3、黑根和烂根畜禽粪便的PH值普遍的数字是3.6~4.7，如果果农使用发酵不完全的畜禽粪便很容易会造成果树的黄叶、黑根、烂根、黄化病、树势早衰，严重的时候还会导致整棵果树死亡，其他的农业作物也会出现这些情况。
4、有毒气体未经处理的畜禽粪便在发酵的过程当中会产生大量的氨气、甲烷等有害气体，这些有害气体非常容易使得作物的根部受到损伤，同时还会大量杀伤土壤当中的有益菌群，此外产生的大量乙烯气体，则会抑制农业作物根部的生长。
5、土壤缺氧畜禽粪便在土壤当中进行发酵分解的过程当中是需要进行消耗氧气的，也就是平常所说的好氧发酵，这样的情况就会使得土壤出现短期性的缺氧，这就会直接导致作物生长受到抑制，特别是根部的生长。
6、肥效释放慢畜禽粪便未经有效处理就施肥，会导致粪便当中的很多营养成分并不能被作物直接利用吸收，其原理就是未经有效处理的畜禽粪便当中的营养成分是大分子团有机物，农作物的根部并不能直接吸收这些大分子团有机物，这就需要经过发酵之后大分子团有机物变成小分子团有机物或者是说小分子有机物才能被作物的根部直接吸收，而畜禽粪便的自然分解是十分缓慢的，根本满足不了农作物的生长需求。
7、抗生素、激素和重金属由于近些年来养殖行业出现了规模化和集约化的发展趋势，一些含有抗生素、重金属及激素的饲料和添加剂以及药品被应用于养殖行业。这就导致很多的畜禽粪便当中含有比例过高的抗生素、激素和重金属，如果未经科学有效的处理畜禽粪便直接施肥于农田、菜地，就会导致这些激素、抗生素、重金属就会被积累到农作物当中，最终被积累到人类体内。
8、不方便、效率低畜禽粪便未经处理就进行使用，不仅仅存在着体积大、不易运输、肥效低下、使用成本过高，并且畜禽粪便当中的有机质转变为扶智的时间过于长，这期间养分的流失十分严重。
9、盐分超标据有关农业研究机构表明—每一立方未经有效科学处理的畜禽粪便当中就含有大约10斤的氯化钠。倘若一亩农田当中使用的畜禽粪便当中含有10公斤的氯化钠，农作物的生长就会出现被抑制的现象。
