1、第一，ERP系统软件虽然考虑了企业怎样适应市场需求的变化以及怎样利用全社会一切市场资源快速高效地进行生产经营的需求，但并未从根本上考虑知识经济时代技术持续创新以及市场竞争环境的迅徽革蕖颖速变化对企业生产流程与业务管理流程动态调整的要求。目前的ERP系统一般是以一种预先固定好的模式结构提供给用户，企业在建立其管理系统时，一是软件无法灵活地适应地个性化的企业管理流程要求，这就不得不要求企业管理流程需按ERP系统中的固有模式去运作，否则要经过二次开发才能使用；二是一旦ERP系统实施完毕，企业在需要进行管理与业务流程重整时，很难真正达到从组织结构、生产流程、业务流程全面重整的效果，即现有的ERP系统结构与功能制约了企业的动态重整过程。因此，ERP系统的进一步发展需要将管理模式与软件系统相分离，以期实现企业的动态重整过程。
2、第二，ERP系统软件的发展起源于制造业并主要应用于制造业，可以说ERP的先进管理思想在制造褂偶裢蜮业管理上发挥得淋漓尽致。虽然ERP系统可以应用于非制造业，如呶蓟鹭毵ERP中的财务管理、分销管理和人力资源管理等功能，这时将难以完整地体现ERP的先进管理思想。在当前知识经济时代，服务业是社会经济的主导行业，ERP在服务业的应用，特别是在跟踪客户服务和实现在线客户服务方面，难以实现对客户服务需求的快速响应和高满意度。
3、第三，在工业经济时代，企业价值主要是有形资本与无形资本的价值，在工业经济时代后期，人们认识到人力资源及其资本价值。而今在知识经济时代，智力资本已开始成为企业价值的重要组成部分。为了提升企业智力资本价值，人们认识到知识管理的重要性。ERP系统软件在企业内部或企业供应链上如何建立知识管理体系与管理手段方面还是一片空白。
4、 第四，ERP系统软件虽然提供了对工作流的管理，但ERP系统中的工作流与ERP系统功能组成的业务流程并没有紧密融合在一起，从而没有形成对业务处理过程的控制与管理。
