1、省级生态环境主管部门依照生态环境部制定并公布的配额分配方法向本行政区域内的重点排放单位分配排放配额。排放配额分配初期以免费分配为主，适时引入有偿分配。有偿分配收入实行收支两条线，纳入财政管理。
2、生态环境部可预留一定数量排放配额，用于市场调节、重大项目建设等。此条规定中，可以看出：全国碳市场中，省级生态环境主管部门在配额分配量、纳入行业及企业、配额分配方法等环节中，一切都将依照国家的主流标准进行，不享有自主权。有偿分配终会引入，有偿分配的收入将通过财政部，实现再次立项使用。
3、预留配额用于重大项目建设，一定程度上弥补了配额拍卖收入或不能专款专用的问题。这项安排或能够推动通过“配额奖励”方式更高效率地支持具有示范意义的气候友好重大项目此外，重点排放单位对排放配额分配结果如有异议的，可向省级生态环境主管部门提出申诉。
4、近年来，全球气候变化日趋严重，世界各地的温室气体排放导致了全球温度逐步上升，这引起了全球海平面上升等一系列的严重后果。为了解决此气候变化问题，联合国多次召开了全球气候会议，制定并通过了《联合国气候变化框架公约》和《京都议定书》等条款。其中，采用政府强制性碳减排与市场激励相结合的碳交易是减少温室气体的一种有效方法。在总量控制与交易中，碳排放权的初始分配方式对碳交易的顺利进行起到了很大的促进作用，这也是有效控制温室气体的关键因素之一，从而使得环境效益与经济效益得到协调发展。中国在其迅速发展的过程中产生了大量的碳排放量，在哥本哈根会议上，中国政府明确承诺到2020年中国要在其2005年的碳排放水平上减少40%-50%。因而，我国已在积极试行碳排放权交易机制以达到低碳发展的战略目标。
5、20世纪60年代，经济学家首次提出了碳排污权交易的概念。 碳排放权，是在碳排放总量确定的前提下，通过国家及相关环境部门的分配，碳排放的企业取得的向大气排放碳污染物的排污许可证。同时在行使该权利时不影响人们的正常生活，并且在排污的同时获得一定的经济收益。产生碳排放权配额分配的理论基础包括产权理论和科斯定理等。从环境经济学的角度来讲，环境污染是一个典型的外部性问题。它不可能在完全自由的市场经济的条件下依靠价值规律来解决。庇古提出了征税的方法来促使外部成本内部化，在庇古理论的基础上，科斯提出了“只要财产权是明确的，并且交易成本为零或者很小，那么，无论在开始时将财产权赋予谁，市场均衡的最终结果都是有效率的，实现资源配置的帕雷托最优”。产权理论的一个主要作用是引导人们拥有将外部性内在化的激励，产权界定不清是产生“外部性”和“搭便车”的主要根源。
6、在碳排放权配额的分配当中，一个配额相当于一吨二氧化碳当量。配额分配的基础包括历史排放记录法（祖父式分配）、行业基准值法或两者相结合的方法。历史排放记录法是基于历史水平的祖父式分配，是指划定行业或企业的历史排放基准。但祖父式分配使企业有维持现状的倾向，无形中奖励了污染严重的企业获得更多的免费许可。祖父式分配的优点有：第一，基于历史排放的分配不会让企业的持续性生产受到影响。第二，基于历史排放的分配可减少行业和企业的反对，增大了实行减排的可能性。第三，在基于历史排放的分配中政府会补偿受政府管制影响的企业。但是，政府存在着对企业过度补偿的可能。此外，在这种分配体制下，潜在的新进入企业可能面临不能获得排放许可证或排放权许可价格过高的门槛。行业基准值法是基于行业标准排放率的分配方法，该方法的配额根据行业每单位产品的特定排放值（即基准值）进行计算分配，实际的配额数等于基准值乘以特定实施的过去或预测产品。使用行业基准值法有如下优点：第一，使用行业基准值法对于拥有老设施和新设施的企业都较为公平；第二，相对于历史排放记录法，相似设施使用行业基准值法的配额分配差异更小；第三，基准值法可以验证在市场结构等的改变下历史排放是否合适。简单来说，历史排放记录法适合在碳排放权交易的第一阶段使用，因为它操作简单，但是这种方法存在着鼓励落后的弊端。行业基准值法被认为是鼓励先进，更有利于行业进步，但实际操作时，工作量大。
