1、来源不同：保障性住房是指政府为中低收入住房困难家庭所提供的限定标准、限定价格或租金的住房。
2、一般由廉租住房、经济适用房和政策性租赁住房构成。
3、商品房是由房地产开发商统一设计、批量建造后作为商品出售的房屋，商品房一般拥有齐全的配套设施，商品房的建设和交易需要经过政府部门的审批。
4、购买条件不同：保障性住房必须达到一定条件，要当地政府部门审核批准才能购买或租用，如经济适用房。
5、不满五年不允许上市出售，5年内确需出卖的由政府回购，但需要上交一定比例的收益金给政府。商品房只要有足够的资金就可以买，可以根据个人需要选择适合自己的房子。
