1、首先,根据Ma水瑞侮瑜buchi等'报道的鱼类通用引物扩增mtDNA部分序列,剩余基因序列通过引物步移脲摩喜清得到。反应模板DNA约为100ng,25μL反应体系包括:ExTaq酶0.25μL(2U),10xExTaqBuffer2.5μL,dNTPs1μL(各2.5mmol/L),引物各0.5μL(20umol/L)。
2、然后,PCR反应程序:94'C预变性3min;94°C变性30s,60C退火30s(退火温度依特定引物),72°C延伸1min,35个循环;最后72C延伸10min,4'C保存。
3、然后,扩增产物经1%琼脂糖凝胶电泳检测,PCR产物由上海生工生物技术服务有限公司纯化,用ABI3770XL自动测序仪进行Sanger法双向测序。
4、然后,全序列的拼接与注释,通过NCBIBLAST检索,确定所得序列与GenBank中所收录的沙塘鳢属鱼类mtDNA相应区段有较高序列相似性后,利用测序峰图结果分析软件DNABaserV和ContigExpress。
5、然后,将所有片段拼接成一个完整的mtDNA,辅以人工校正。用Editseq7.10和Mega5.0统计序列总长、碱基组成和AT含量等信息;用在线软件tRNAscan-SE1.2112进行tRNA基因定位并对二级结构进行预测,并辅助人工校正,对于tRNAscan-SE1.21未能预测的tRNA。
6、最后,采用RNAstructure4.615预测茎环结构.mtDNA全序列经MitoFish'4注释后,提交GenBank(KF874495),用DNAMANS)和Geneiousv.5.4构建mtDNA结构简图。