1、感病严重的棉籽。枯、黄萎病是制约棉花产量的顽症之一，棉籽又是病菌的载体。病菌可以随着棉籽迅速传播。因此，枯、黄萎病严重地区的棉种，不能调入感病轻的棉区，更不能调入无病棉区。伏前桃和晚秋桃棉籽。伏前桃和晚秋桃生长发育不良，成熟度差，铃重轻，种子发芽率低，长势脆弱。
2、剥桃花的棉籽。有些棉农对发育较为充分的伏桃，仍然有抢墒剥桃花的陋习。凡剥桃花的棉籽，由于没有充分成熟，更没有完成后熟作用，不能推向市场。喷施了乙烯利的棉籽。喷施乙烯利虽可促棉花早熟3～4天，但对棉籽损伤较大，使棉种发育不全，不能做种。
3、退化严重的品种。棉花是异交作物，异交率在8%左右，有些棉农多年没有更换新的品种，棉种纯度只有70～80%，品质退化严重，继续使用必将导致减产，品质下降。与农药、化肥一起存放的棉籽。有些农户将棉籽与农药、化肥长期存放于一个仓库且通气不良，由于农药、化肥散发的有毒气体损伤棉籽，造成发芽率降低。
4、储存年代过久的棉籽。棉种存放半年一般发芽率在80%以上，在无低温冷藏设备的情况下，棉种的寿命与储存年代呈负增长。水泥晒场上晒过的棉籽。在水泥晒场上晒含水量较高的棉籽，由于呼吸强度旺盛，造成棉种生理机能失调，部分棉籽形成哑籽，失去发芽能力。。
5、机械损伤过重的棉籽。精加工的包衣棉种中，机械损伤率应控制在2%以内。破籽率超过2%以上的棉籽，受药物浸染过重，对发芽率影响很大，破籽率过高就不宜于作种用
