1、触摸法：水晶都是晶体，传热快，玻璃为非晶质，传热慢。所以手握水晶会感到冰凉入心，佩带一小会儿之后，便与体温同步；而玻璃则有温感。
2、内含物：水晶内常有天然融入的气液包含体、絮状物、共生矿物、冰裂、层裂等瑕疵，毫无瑕疵的晶体大多有问题。玻璃表面和内部常有漩涡状的细纹，
3、重量：天然黄水晶与人工合成水晶来说，分量较重，并且合成黄水晶其手感温顺。
4、硬度：黄水晶的硬度为七，而玻璃的硬度则为六，用玉石之类的东西在黄水晶的身上轻轻划上一道，黄水晶是看不到划痕的，而玻璃则能明显看出有划痕。
5、光学鉴别：玻璃是不结晶的均质体，水晶是结晶的非均质体，在偏光镜下转动360度有似明似暗变化的是天然水晶，没有变化的是假水晶。另外，某些天然水晶如紫晶有二色性，假晶则没有。
