1、手术治疗病情较为严重的病人需手术治疗。手术方法很多，大多经开腹将直肠悬吊固定而达到治疗目的，优点是治疗效果好，缺点是需开腹，创伤大。
2、微创治疗微创治疗是采用腹腔镜技术，在腹部作3个0.5到25px的微小切口，置入腹腔镜器械，将直肠悬吊固定术，达到与传统开腹手术同样的治疗效果。其创伤小，病人恢复快，一般术后2到3天即可出院。但该项技术需要先进的腹腔镜设备，目前仅在有条件的医院开展。
3、保守治疗幼儿直肠脱垂多可自愈故以非手术治疗为主。即随着小儿的生长发育，骶骨弯曲度的形成直肠脱垂将逐渐消失。如纠正便秘，养成良好的排便习惯，排便时间应缩短，便后立即复位。如脱出时间长脱垂充血、水肿，应取俯卧位或侧卧位立即手法复位。
4、注射疗法短期内再发、患病时间较长，使用上述方法仍不见效，可用注射疗法方法，注射途径可经肛门镜在直视下将药物注射到粘膜下层，使粘膜与肌层粘连;或经肛周皮肤在直肠指诊下做直肠周围注射，使直肠与周围粘连固定。
