1、官网下载 rMATS v4.0.1下载地址：http://rnaseq-mats.sourceforge.net/rmats4.0.1/rMATS.4.0.1.tgz
2、安装依赖文件按官网说明安装pip install numpysudo apt-get install libblas-dev liblapack-devsudo apt-get install gfortransudo apt-get install libgsl0ldbl
3、关键步骤第二步的最后一个libgsl0l蟠校盯昂dbl的安装。libgsl0ldbl是Ubuntu14版本支持的，瞽攥涛徭但是到了Ubuntu16.04就不在支持了，而是替换为libgsl2，因此需要先安装libgls2.sudo apt-get install libgsl-dev找到libgsl2的安装路径：dpkg -L libbgls2找到文件【libgsl.so.19】的路径，并将其复制或者链接到【/usr/lib】目录下sudo cp /usr/lib/x86_64-linux-gun/libgsl.so.19 /usr/lib/libgsl.so.0更新系统动态库：sudo ldconfig如果更新正常，会什么都不显示。
4、按官网说明运行rMA哌囿亡噱TS.py脚本Running withfastq：python rmats.py --s1 s1.txt --s2 s2.txt --gtf gtfF足毂忍珩ile --bi STARindexFolder -od outDir -t readType -readLength readLength [options]*Running withbam：python rmats.py --b1 b1.txt --b2 b2.txt --gtf gtfFile --od outDir -t readType --nthread nthread --readLength readLength --tstat tstat [options]*下图为我的运行结果，可以看出是没有任何报错，结果文件也都有。
