生物安全柜如果使用不当，其防护作用就可能大大受到影响。因此在操作时要注意如下事项：
1、做好相应个人防护。在使用生物安全柜时应穿着个体防护衣服。
2、安全柜内物品摆放注意原则。
3、注意紫外灯的使用。生物安全柜中不需要紫外灯。如果使用紫外灯的话，应该每周进行清洁，以除去可能影响其杀菌效果的灰尘和污垢。
4、避免使用明火。在生物安全柜内所形成的几乎没有微生物的环境中，应避免使用明火。
5、操作宜缓慢。实验室中要张贴如何处理溢出物的实验室操作规则，每一位使用实验室的成员都要阅读并理解这些规程。
6、柜内移动物品时应尽量避免交叉污染。
7、避免震动。生物安全柜在移动以及更换过滤器之前，必须清除污染。
8、操作结束后选用合适的消毒剂清洁安全柜内表面。由于剩余的培养基可能会使微生物生长繁殖，因此在实验结束时，包括仪器设备在内的生物安全柜里的所有物品都应清除表面污染，并移出安全柜。
9、安全柜只有在工作正常时才能使用
10、认证。在安装时以及每隔一定时间以后，应由有资质的专业人员按照生产商的说明对每一台生物安全柜的运行性能以及完整性进行认证，以检查其是否符合国家及的性能标准。
11、警报器。可以在两种警报器中选择一种来装备生物安全柜。
