1、来源不同。深海鱼油主要是从寒冷地区深海里的鱼，如三文鱼、沙丁鱼等提取的；而海豹油是从海豹的皮下脂肪提取的，二者皆来自严寒地区。
2、omega-3组成元素不同。深海放舯荚脔鱼油中的omega-3主要有2种成分组成：EPA和DHA；海豹油omega-3EPA、DHA和DPA。而DPA对幼儿的生长是至关重要的，还有“血管清道夫”的称呼。且海豹油的omega-3含量为自然界动物之冠。
3、海豹与人同是哺乳动物，而鱼类是低等冷血动物。哺乳动物体内的 OMEGA-3 不饱恽但炎杰和脂肪酸在甘油三脂上的位置与鱼类不同。哺乳动物的 OMEGA-3 在 一、三位上，而鱼类则在二位上。在人体的消化过程中，一、三位上的 OMEGA-3 容易与脂酶作用，分解为游离状态的脂肪而更易被人体吸收。所以海豹油比鱼油的吸收利用率高。
4、海豹油较深海鱼油富含更多的角鲨烯和维生素E，具有预防和治疗癌症的作用，且不易被氧化。
5、海豹油中几乎不含胆固醇，而深海鱼油多数含较多胆固醇。
