转基因抗虫棉的利：具有省工节本、增产增效、减少环境污染等特点。
转基因抗虫棉的弊：抗虫棉不是完全不用防治虫害，在同样条件下抗虫棉一般较非抗虫棉蕾铃危害可减轻80%左右，防治指标较非抗虫棉高，一般情况不需防治。但在棉铃虫大爆发情况下，棉铃虫数量远远超过抗虫棉防治指标时，也需采取辅助防治措施。
另外，抗虫棉只抗棉铃虫，不抗蚜虫、棉叶螨等类害虫，当棉田发生其它虫害时要及时防治。还需注意Bt抗虫棉也禁止使用Bt农药，防止棉铃虫产生抗性。
生育特点
生产上推广的抗虫棉都是转基因抗虫棉，是外源Bt基因等导入棉花体内后经选育而成，因此与常规棉相比具有以下不同特点：
1、营养生长势稍弱
棉花植株体内的外源抗虫基因在其表达过程中，对自身的内源激素的含量与分布产生了较大的影响，导致抗虫棉生长点赤霉素含量下降，分布减少，因此在同等条件下抗虫棉的营养生长势不及常规棉。在生产上表现为植株略矮、株型较紧凑、叶片稍小等。
2、对某些气候因素较为敏感
近几年的研究表明，抗虫棉特别是常规抗虫棉（非杂交棉）对高温较为敏感，在高温条件下花粉败育或授精不良，导致蕾铃大量脱落或棉铃较小、畸形等；部分抗虫棉品种则对水分较为敏感，抗湿性较差，在生产上表现为根系发育不良，后期易早衰。
3、对钾营养需求较高
近几年实践表明，抗虫棉对钾的需求大于常规棉，在同等条件下比常规棉高20%左右。因此，如钾肥投入不足，造成棉花发育不良、蕾铃脱落增加、铃重和品质下降，缺钾严重的导致棉花脱叶早衰。
