1、一般商铺拆迁的补偿参考的是方圆三公里以内，要符合四同“同性质”、“同用途”、“同区位”、“同地段”房屋拆迁时的市场价格。一般补偿来讲，底商价格最高，低层相对比较便宜。根据《国有土地房屋征收与补偿条例》第590号令相关法律规定，征收房屋首先要看土地证、房产证是否载明具体使用性质和用途。
2、其次,若房屋产权证载明商业用途并全部变更住改非等取得完善手续，则可以按照商业用房标准要求补偿并主张营业损失以及装修费固定资产投资等等，参考周边商业房屋市场交易价格。对于题中所说的商住两用，就要看房产证上是否明确了哪一层属于住宅用途，哪一层属于商业用途。如果没有明确，就按照实际用途来进行认定，用于实际经营的以商铺来进行补偿，用于居住的只能按照住宅来进行补偿。
3、再者，如果按照产权置换的方式还要考虑在不同区位，不同地段的差额补偿问题。比如拆迁时商铺所在的常挢傣捅地段为10000元每平米，那么安置到另一地点时该地的地价为8000元一平，这时就要以货币的形式将2000元每平的差额补偿到位。还有一种情况就是将商铺置换成住宅用房，因为商铺和住宅的市场价区别很大，一般商铺都是高于住宅的市场价的，但也要考虑区位和地段的因素。这时也要以差额补偿的形式进行补偿。
