1、首先，基因的进化速率受到纯化(负)选择、突变和定向(正)选择等因素控制。为了检验选择压力对虾虎鱼亚目类群mtDNA的影响。
2、然后，通过Geneiousv.5.4对所得序列进行严格多重序列比对分析，然后利用DnaSP5.071与PAML18]软件，估算其非同义替换率(Ka)和同义替换率(Ks)的比值(Ka/Ks)。
3、然后，基因差异性分析，对mtDNA蛋白编码基因进行基因变异位点分析。先通过Geneiousv.5.4软件，比对10种虾虎鱼亚目鱼类的蛋白编码基因，然后利用DnaSP5.0软件分析这些蛋白编码基因的变异位点与变异特征。
4、然后，系统发育学分析，选择压力分析与基因差异性分析结果，选择备选分子标记基因。先利用Geneious v.5.4 对所选基因序列进行严格多重序列比对分析，再以jModel Test 2。
5、然后，评估所有位点的最适置换进化模型，并以AIC(Akaikeinforma-tioncriterion)参数值评价所选模型的优劣。
6、最后，通过Neighborjoining方法构建先验基因树，用Geneiousv.5.4和Megav.5.0进行最大似然法(MaximumLikelihood,ML)系统发育分析，自举支持度值(bootstrapanalysis)取1000。
