怎么用用discovery studio模建蛋白三维结构

1、首先，确保电脑上已经成功安装Discovery Studio2.5软件（下面简称DS2.5），我有一篇经验写怎么安装DS。DS界面如下，主要是用左侧第三栏的protocol协议

2、首先，打开待模建的序列，DS对文本格式要求较高，fasta文件要求首行>蛋白名，下面另起一行是蛋白序列，如下图

3、打开待测序列文件，如下图

4、接下来，先做序列比对，搜索待测序列的模版，使用protocol的sequence analysis模块的blast search（DS sever），在下方打开功能模块，选项默认即可，点击窗口上方的绿色三角号，running！在左下方打开完成的job，列在最上方的模版是最佳模版，右键下载结构

5、在正式模拟前，需要将模版与模建序列比对，也是使用protocol的sequence analysis模块，点击align multiple sequences，type选项选择比对profiles，点击蓝箭头，running！比对结果，如下

6、模拟，使用protein modeling模块的build homology models，输入第五步的序列比对结果，选择袷蜍滇刷模版和模建序列，点击蓝箭头，running！模建结果如下，根据dope score值选择最佳模建结果，一般值越小，结果越好。