1、新版通行证采用了符合国际标准的高安全性集成电路芯片，与电子普通护照相似，可存储持证人个人资料及证件、签注签发管理信息，并使用成熟的数字化防伪安全机制进行保护。
2、过关时刷卡可验放，无须盖章，同时，存取个人指纹信息的居民，将按规定自助通关。过关时长大概在8秒~10秒。
3、成人电子往来港澳通行证有效期延长为10年，对未满16周岁的仍签发5年有效通行证。
4、对首次申请电子往来港澳通行证的16周岁以上（含）的申请人，内地公安机关出入境管理部门将采集或核验指纹，16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定；如持证人希望免登记使用港澳地区自助查验通道通关，还应在申请电子往来港澳通行证时签署《免登记使用港澳地区自助查验通道声明》（不满16周岁的由其监护人签署）。
5、往来港澳签注不再采取贴纸的方式，而是直接打印在证件背面，可重复擦写。
6、电子往来港澳通行证启用后，内地居民往来港澳地区的管理政策不变，证件申请受理渠道和审批条件不变，收费标准不变。
7、除了留存或核验指纹信息外，电子通行证和签注的申办渠道、程序及相关的资格、条件与现行往来港澳通行证、签注完全一致。
8、现行本式往来港澳通行证和签注在有效期内可以继续使用，持本式通行证可以继续申办贴纸式签注。
