DAVID在GO和KEGG富集分析中的应用

 时间:2024-10-17 04:27:32

1、在这里我们选取CGC中的gene作为演示,这里Gene以列表形式出现(如下图所示),需要注意的是Gene名称必须是office gene symbol,不能是别名。

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2、接下来我们正式开始富集分析了,打开网址https://david-d.ncifcrf.gov/,6.7版本(虽然有6.8版,但是实杼鲴奶袒验室的人觉得6.7的好用,所以这里还是用6.7版),界面如下所示,点击Start Aanlysis。

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3、DAVID具体使用流程如下图所示,(1)首先把Gene列表输入到list中;(2)选择office gene symbol;(3)选择Gene list;(4)Submit list。

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4、完成以上四步就完成了提交,这时网页需要反应一会后,会弹出以下对话框,点击确定即可。

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5、接下来就出现如下图所示的界面,按照按照流程选探怙鲔译择(1)选择物种,这里选择的是人类的;(2)选择list;(3)点击Functional Annotation Chart,这里要反应一会儿。

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6、进入下一个界面,如下图所莲镘拎扇示,首先把所有默认选项都清空,只选择Gene_Ontology下的GOTERM_BP_DIRECT和Pathways 下的KE镟搞赃呓GG_PATHWAY,最后点击 Functional Annotation Table。

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7、这时结果就都出来了,大家可以根据自己的需要选择是否下载分析结果,点击右上角的Download File就可以下载了。

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