1、第一，不能直接施在土壤表面；微生物菌剂中的主要成分是微生物，它们正常情况下是存活在土壤当中的，如果在施肥过程中将微生物菌剂直接撒施在土壤表面，那么太阳光中的紫外线会杀死微生物菌剂当中的有效成分，造成肥力消失。
2、第二，不在恶劣天气下施肥；在温度过高、土壤干旱等条件下也不适合使用微生物菌剂，因为微生物菌群的生长和繁殖需要合适的环境，一般其能承受的最低温度是5摄氏度到35摄氏度，所以在夏季和冬季施肥时，要先测量土壤温度，如果低于这个值就不适合施菌肥了。
3、第三，不与未腐熟粪肥混用未腐熟的粪肥当中含有病原菌、虫卵，这些物质会影响微生物菌剂发挥作用，另一方面，未腐熟的农家肥在土壤当中会不断释放热量，造成高温环境，这样的环境也对微生物菌剂产生较大的影响，施肥效果大打折扣。
4、第四，不能单独使用有很多农户都咨询绿之洲，为什么我使用了微生物菌剂，但是效果很不明显，大部分是因为在施肥的时候只用了微生物菌剂，而微生物菌剂中的菌群要充分发挥作用需要土壤中有充足的有机质，所以说当土壤有机质不足时，仅仅施入微生物菌肥是不行的，还需要追施有机肥，提升整体使用效果。
5、第五，不随意存放当微生物菌剂一次使用后还有剩余的时候，大部分农户都是简单存放到仓库，这个时候会造成微生物菌肥的挥发，以及其他杂质进入微生物菌剂当中，污染有效菌群，因此在第二次使用的时候就没有效果了。所以微生物菌剂最好一次使用完毕，如果需要存储的话，应当做好密封措施，避免和空气接触。
