1、 第一：金税三期的推广和应用，金税三期会慢慢地深入，产生的的数据会慢慢被监管部门利用，由于我国有协税制度，多部门使用共同的数据。
2、 第二：网上报税的VPDN随着金税三期的使用，逐步被互联网报税系统替代，这样系统自动报税成为可能，那么从记账凭证的填制开始，到会计核算，到报表的生成，到网上报税，可以实行全自动模式，那么代理记账公司、兼职会计将来何去何从?
3、 第三：金税三期推广后，除了工资和一些结转凭证的原始凭证外，剩余的原始凭证可以直接从系统调取，那么除了审核工作外，还有多少工作量需要人工去完成?
4、 第四：金税三期对增值税专用发票采用是全要素认证，这样发票在企业之间就会必然有逻辑相符的印证，以后虚开和模糊开必然会遭受稽查
5、 第五：金税三期申报系统，个税和社保两个申报系统是否会相互监督和关联，这势必影响企业的社保成本，现在个税大家交没有问题，关键是企业社保负担太重，一旦这两个系统关联，很多企业会选择消失。
6、 第六：金税三期应用后，税务稽查需要大力改革，税务稽查现在是事后稽查，这无疑成为企业家和会计心中的一把刺，很多偷税漏税行为，不一定就是故意，所以税务稽查也应该从事后转到事前，利用金税三期掌握的企业数据，进行事中稽查，还有应该尽快推出企业财务税务的安全预警诊断系统，让企业财务在申报前自我诊断，这样既可以减少税务稽查成本，也有利规范企业财务
7、 第七：金税三期实行后，企业无纸化财务将会逐步推广，数据共享是必然，会计工作量会大量减少，这样大量的会计人员会转型到财务，在企业内部做专项核算，很多企业会最终推行责任核算。
8、 第八：由于金税三期的应用，也要求会计防范风险从事后转到事前，迫使很多企业财务去熟悉业务，走上和业务相结合的道路
