1、微生物污染的影响：谷类在收获、贮藏、加工等过程中极容易受到霉菌、细菌、酵母菌的污染，当条件适宜时，它们就能迅速在谷物中生长繁殖，并产生毒素，使谷类及制品变质。因此，谷类在贮藏时要采取防微生物污染的措施及控制微生物生长繁殖的手段。
2、温俣觊鄄幼度、湿度、氧气的影响：微生物生长繁殖时需要适宜的温度、湿度和氧气，如：稻谷类贮藏时湿度过大，温度过高，氧气充足，则其中污染的微生物就能迅速生长繁殖，致使谷类及其制品发霉或腐败变质。谷物与其他有机体一样，不能进行呼吸作用，这种呼吸作用是由谷物中氧化酶所催化的。谷物中的单糖在氧气充足以及氧气不足或缺乏的情况下，都在不断地氧化，生成二氧化碳和乙醇，并放出热量。谷物的氧化在氧气充足时比氧气缺乏时所放出的热量多26倍，由于这种氧化作用使谷堆中热度增高，谷堆中温度更高，在细菌霉和谷物水解酶的作用下，谷物中有机物质会加速分解，发生腐臭味，最后可能完全腐败。因此，谷物在贮藏时，不仅要求其本身含水量要低15%，而且贮藏环境应保持低温、干燥、通风良好。
3、虫害的影响：害虫在原粮中及半成品中都必须能生长，如仓库室温在18℃-21℃以上，湿度在60%以上时，即适于虫卵孵化繁殖；当室温在10℃以下时，害虫活动能力会减弱。仓库中主要有甲虫、螨类、蛾类等害虫，这些害虫不但损害大量粮食，而且使粮食带有不良气味，减轻其重量，降低其品质，也容易使粮食堆发热，微生物进一步作用就会使粮食霉烂变质。
