1、确认并保留两年考勤记录。 1、举证责任倒置的法律风险及控制 在加班费诉讼中，实行举证责任倒置。通常情况下，我们都知道“谁主张，是举证”，但是在加班费诉讼中，如用人单位主张不拖欠员工在两年内的加班费，则需要对此举证证明不拖欠员工两年内的加班费，而最常见的证据就是经过确认的考勤记录。 这里的经过确认的考勤记录，通常指员工签字确认的每月考勤卡或者每月考勤记录汇总表，其他可以识别身份的确定的确认方式也可以。 2、两年外加班费“谁主张，谁举证” 如果员工主张两年外的加班费，则员工需要举证，此时适用“谁主张，谁举证”的原则，而不再适用举证责任倒置，原因在于有关法规规定用人单位应当保留两年内的工资支付表（，也就是说用人单位只需要对于两年内的考勤记录承担举证责任。
2、薪资结算声明。 在每月的考勤汇总表格上标注如下声明，对于减少甚至杜绝加班费纠纷同样有效 “本考勤汇总表所列考勤记录是对您在本月工作时间的最终确认，请认真核对并签名。如您对本月及本月之前的考勤时间和工资、加班费等薪资福利有任何异议，请在收到本月工资的3日内通过电子邮件等书面形式向公司人力资源部提出异议，以便于公司核实，否则视为您确认并同意本月及本月之前的考勤记录以及对应的工资、加班费等薪资福利的支付，您与公司就工资、加班费等薪资福利事项不存在任何争议。” 由于劳动司法政策在不停的变化，而类似的声明通常在司法实践中可以得到支持，这样做往往可以达到“以不变应万变”的效果。
3、“月薪制”或者 “包月制”。 根据《关于适用<劳动争议调解仲裁法>、<劳动合同法>若干问题的指导意见》第二十七条：用人单位与劳动者虽然未书面约定实际支付的工资是否包含加班工资，但用人单位有证据证明已支付的工资包含正常工作时间工资和加班工资的，可以认定用人单位已支付的工资包含加班工资。但折算后的正常工作时间工资低于当地最低工资标准的除外。 也就是说，用人单位与员工可以约定（最好是书面约定，否则很难举证）每月实际支付的工资中已经包含了加班工资。这样，用人单位每月支付给员工一个固定数额的月薪，用人单位和员工就都不用麻烦计算加班工资了。 实践中，这种做法通常合适用于企业的管理人员、行政人员、专业人员等薪资较高的员工，这也符合国际上一些法治国家的通行做法[2]。
4、加班审批 一些企业对于个别员工“蹭加班费”（工作时间做与工作无关的事情，下班时间开始工作）或者“打黑卡”的做法很头疼，一个行之有效的做法是由其直接主管进行加班审批，对于不符合加班条件的打卡记录不予汇总到考勤汇总表中，这样也有利与提高企业的工作效率，促使员工在工作时间内提高效率，下班之后尽量不要工作，也鼓励员工实现生活与工作的平衡。
5、调整工资结构 2009年10月21日修改的《深圳市员工工资支付条例》取消了“标准工资”这一法定概念，而是用“正常工作时间工资”取而代之。正常工作时间工资是计算加班费的依据，而正常工作时间工资的数额可以由企业和员工约定，但是不得低于最低工资。 这样，如果企业不愿意支付高额加班工资，但是又愿意支付高薪来激励员工的积极性的话，则可以考虑把高额的工资拆分，并确定一个合理的正常工作时间工资用来计算可能产生的加班工资。
6、建设高效率的企业文化 企业不应片面强调员工的工作长度，而更应该强调工作效果和效率，企业应该建立一种高效的企业文化，而不是加班的企业文化。在目前信息爆炸的社会，如果不强调工作效率，很多员工极容易迷失在爆炸的信息流中，企业应该提供高效工作的培训和建立高效工作的文化。
