第一步、在监控指标库的基础上完善各项指标，同时根据各单位及部门的主要业务流程，按照公司当前战略发展要求，从指标库中选取关键绩效指标KPI，根据实际业务情况设定指标权重及考核方式等。本阶段的指标体系一般分为三层：第一层是公司层面的考核指标，多以财务类结果性指标为主;第二层是部门层面的考核指标，一般包含质量、成本和效率等驱动性指标;第三层是涉及到具体业务流程的监控指标库，主要用于日常业务的监督和控制，上两层指标实际上是在监控指标库中选取的关键指标。
第二步、根据部门层面的考核指标建立具体到岗位层面的个人绩效考核体系。通常此类指标包括根据部门指标分解的个人考核指标，其实是战略目标在最基层的分解和延续;还包括岗位行为考核指标，此类指标主要以主观定性评价为主，因为很多基层的事务性工作很难与部门的绩效建立直接的联系，这类指标恰好是战略目标分解的必要补充。
第三步、运用平衡计分卡的思想方法，以主要业务流程输出为基础，在业务层面建立起监控指标库，同时选取重点指标作为后备的考核指标。目的在于为后期建立绩效考核体系作准备，积累基础指标和历史数据;同时明晰各项业务的主流程和责任部门之间的关系，对企业内部存在的较大管理问题进行流程梳理和责权界定;并建立起绩效指标监控机制。
