1、用RO产水冲洗 清洗前用RO产水冲洗可减少污染物的含量，从而减少清洗药品的耗量，清洗后用RO产水把组件和管路里的药品冲走。 在正常运行停机之后，用RO产水自动(或手动)冲洗膜组件，防止盐类和其它物质沉淀，许多SWRO工程实践证明，这种冲洗对保护膜元件、延长化学清洗的周期是非常有效的。任何海水淡化处理工程的设计中，都应当结合又自动用RO产水冲洗膜元件的设备。
2、预先用清洗液浸泡 不管污染或结垢程度如何，用清洗液把各段给予预浸泡15min，使大部分污染物松劲，最后把浸泡的清洗液打到废水处理池，严禁返回清洗槽。 这个步骤可避免清洗槽液体被污染，打通被堵塞的流道，为下一步循环清洗时流体分布均匀，这个步骤可以重复几次。
3、分段清洗 避免前、后段互相污染。
4、正流清洗 清洗液从组件给水进水口流入，从浓水口流出，循环进出清洗组件。装配一进水开/关阀门，产生脉冲清洗，效果更好。
