1、益生菌怕杀菌抗菌制剂益生菌也是一类微生物，因此，益生菌不应与具有杀菌的制剂同时服用，也不能与抗菌药物一起使用，例如：抗生素。因为益生菌会被抗菌药物杀死，所以在服用完有抗菌杀菌疗效的药物后就即可补充益生菌，是根本起不了益生作用的。如果一定要服用抗菌药物和益生菌，建议相隔2小时以上再服用益生菌。
2、益生菌怕酒精酒精是一种常用的杀菌消毒剂。酒中酒精含量高，不宜与益生菌同时服用。，因为酒喝下去之后，直接刺激并损害消化系统，特别是对胃黏膜有不良影响。酒的度数越高，这种刺激越明显，甚至还会导致肠道菌群平衡的破坏。
3、益生菌怕热益生菌作为一种活菌在人体内存活，其最适生长温俣觊鄄幼度与人肠道的生长温度相近，约为37℃。因此，益生菌平常最好保存在阴凉干燥的地方，有的产品甚至需要冷藏。同时，服用益生菌的鹈啷苔垦水温不应超过40℃，否则益生菌将会被烫死。而且益生菌是一种厌氧菌，在没有氧气的环境下才能好好存活开袋后最好马上服用，不要因为喝不完等因素留到下一顿服用，因为这时的益生菌早已失去活性。
